Esta coleção foi organizada por séries e sub-séries documentais, de acordo com o plano de classificação seguinte:

1. Navios de Guerra Portugueses

1) Avisos

2) Bergantins e Brigues

3) Caça-Minas

4) Draga-Minas

5) Lança-Minas

6) Canhoneiras

7) Lanchas-Canhoneiras

8) Caravelas

9) Contratorpedeiros

10) Torpedeiros

11) Patrulhas

12) Corvetas

13) Cruzadores

14) Escunas

15) Agrupamentos de navios

16) Fragatas

17) Galeões

18) Galeotas

19) Galeras

20) Galés

21) Urcas

22) Lanchas de desembarque

23) Lanchas de fiscalização

24) Naus

25) Navios auxiliares

26) Barcas

27) Navios diversos

28) Navios-piloto

29) Navios-tanque

30) Rebocadores

31) Transportes

32) Navios-escola

33) Navios hidrográficos

34) Submarinos

35) Diverso material naval e navios não especificados

36) Galeaças

2. Navios de Comércio - Passageiros e Carga

3. Navios de Comércio - Pesca

4. Navios de comércio e recreio estrangeiros

5. Embarcações de recreio

6. Aviação Naval

7. Ultramar

8. Hidrografia

9. Comissão de Extinção das Instalações do Almirante Tenreiro

10. Exercícios diversos

11. Navios Estrangeiros