A Capitania de um Porto (designação antiga: Alcaidaria do Mar), com origem nas do Brasil, é a repartição dependente da Marinha, com jurisdição em determinada região da costa e nas delegações marítimas que nela existam, à qual compete tratar de todos os assuntos referentes à navegação, pesca, praias e terrenos marginais. É chefiada pelo capitão do porto.

Capitão do Porto é um oficial da Marinha encarregado do policiamento de um porto de mar. A sua repartição é em terra, num edifício denominado capitania do porto. A sua designação antiga era alcaide do mar. As suas competências têm estado sempre relacionadas com: o contacto permanente com as diferentes entidades oficiais, armadores, marítimos, indivíduos ligados à utilização das áreas sob jurisdição marítima; a administração da justiça; o problema da segurança e o cumprimento da legislação em vigor. As alterações legislativas alargam as suas funções.

No Séc. XVI, era a figura do Patrão da Ribeira que detinha competências ao nível da segurança das embarcações no porto, a sua vistoria, e o controlo de embarques.

A 20 de Março de 1797, o Conselho do Almirantado foi autorizado, por Carta Régia, a criar o cargo de patrão-mor em algumas ilhas dos Açores e nos portos ultramarinos. Os patrões-mor eram escolhidos entre os oficiais marinheiros da Armada e tinham a seu cargo a amarração dos navios nos portos, as vistorias ao aparelho e a direção dos serviços de querenagem das embarcações.

Pode-se considerar que o exercício da Autoridade Marítima, em Portugal, centrado na figura do capitão do porto tem a sua origem em finais do Séc. XVIII e, em termos mais formais, com a publicação do Decreto Real de 16 de Agosto de 1803, o qual já atribuía a competência de fiscalização e de polícia ao comandante do porto.

É, no entanto, a publicação do Decreto de 30 de agosto de 1839, que aprova o Regulamento para a Polícia dos Portos. Este decreto foi o primeiro diploma normativo legal que definiu a orgânica e as funções das principais autoridades marítimas, definindo-as pelas suas competências. Cabia, então, aos capitães dos portos prestar auxílio às embarcações em perigo, dirigir a polícia a bordo e nos portos, registar os navios mercantes e de pesca, matricular as respetivas tripulações e superintender nos serviços de pilotagem. Foram instituídas as capitanias nos principais portos do continente, das ilhas e das províncias ultramarinas. Os capitães dos portos passaram a ser oficiais da Marinha de Guerra, subordinados ao Major-General da Armada, embora estivessem também na dependência dos chefes das Divisões Marítimas onde estavam incluídas as respetivas capitanias.

A costa de Portugal Continental foi demarcada em três divisões marítimas e em treze capitanias. Lisboa estava inserida na Divisão Marítima do Centro (que incluía a costa entre o Cabo Mondego e o Cabo de S. Vicente) e era dirigida pelo Intendente e Inspetor do Arsenal da Marinha de Lisboa.

E apesar do Séc. XIX ter sido prolífero em atos e medidas legislativas na área da segurança da navegação, regulação do pessoal do mar e tripulantes, e comércio marítimo, foi com a publicação da Carta de Lei de 28 de Junho de 1888, que aprovou o Código Comercial Português e com o Decreto de 1 de Dezembro de 1892, que aprovou a Organização dos Serviços dos Departamentos Marítimos, Capitanias dos Portos e respetivas Delegações, que o ordenamento jurídico nacional adquiriu solidez e consistência normativa.

O Decreto de 1892, autentico código marítimo, com 329 artigos, teve como base, entre outros diplomas, a Carta de Lei de 27 de Julho de 1882, mas com clara influência do direito marítimo italiano e francês, representou um passo estruturante na definição do grande quadro de atuação dos órgãos e serviços da Autoridade Marítima, tendo sido a base de ulteriores alterações na Organização edificada durante o Séc. XX e, também, da criação da Direcção-Geral de Marinha (DGM) nos anos vinte deste século. Este Decreto de 1892 teve tal importância, que apesar das muitas alterações que sofreu, só viria a ser substituído oitenta anos mais tarde, em 1972.

A história das capitanias, delegações marítimas e DGM não pode ser dissociada, uma vez que era esta última (DGM) a entidade que regulava todos os serviços públicos com competência perante as marinhas de comércio, de pescas e de recreio, sendo, pois, a direção-geral enquadradora de todas as marinhas civis. Viria a ser extinta em 1969 e criada a Direcção-Geral dos Serviços de Fomento Marítimo (DGSFM), uma superestrutura de Estado da qual, já depois de 1975, no âmbito do processo de reconfiguração dos serviços públicos tutelares e reguladores das atividades marítimas, viriam a constituir-se vários departamentos públicos com autonomia administrativa, o que hoje são, em diferentes Ministérios, várias direções-gerais e Departamentos e Escolas públicas.

Porém, a Direção de Faróis, o Instituto de Socorros a Náufragos, os Departamentos Marítimos e as Capitanias dos Portos e suas Delegações Marítimas, e a Polícia Marítima (criada em 1919), além de um conjunto de serviços técnicos centrais, com competências em matéria de segurança marítima e proteção do meio marinho sempre se mantiveram no quadro da Defesa Nacional, e da Autoridade Marítima.

Podemos considerar que outro marco legislativo para a Autoridade Marítima, é a publicação do Decreto-Lei nº 265/72, de 31 de julho, que aprovou o Regulamento Geral das Capitanias (RGC), código que, reestruturou o Decreto de 1892, e que veio redefinir, com atualidade, as estremas e os espaços sob jurisdição das Capitanias dos Portos, e suas Delegações, e que constitui, ainda hoje, a base de atuação destes órgãos, e a sua atual estrutura desconcentrada em todo o território nacional. O RGC é a base jurídica que sustenta a aplicação do quadro do registo patrimonial marítimo, e, designadamente, a classificação das embarcações e seus espaços de operação, regulação do tráfego local, e um conjunto vasto de regras no âmbito da segurança da navegação, segurança das embarcações, documentos e livros de bordo.

Devido ao processo de reformulação da DGSFM, foi recriada, pelo Decreto-Lei nº 300/84, de 7 de setembro, a DGM, mas como uma direção-geral que superintende os vários órgãos e serviços da Autoridade Marítima, sem competências de hierarquia vertical, por exemplo, em relação aos Capitães dos Portos, que funcionavam na dependência hierárquica do Almirante Chefe do Estado-Maior da Armada, e com um significativo grau de autonomia funcional. Só com a reforma de 2002, com a publicação dos Decretos-Lei nº 43/2002, nº 44/2002 e nº 45/2002, todos de 2 de Março, que, no quadro da criação da Autoridade Marítima Nacional (AMN), a DGM seria definitivamente extinta, e reconfigurada em Direção-Geral da Autoridade Marítima (DGAM), direção-geral com autonomia administrativa e com poder hierárquico sobre todos os órgãos técnico-administrativos da estrutura desconcentrada da Autoridade Marítima - Departamentos Marítimos e Capitanias dos Portos.